PANDUANKINI | Mutasi sentiasa berlaku secara semula jadi dan rawak. Kebanyakan mutasi tidak memberi apa-apa kesan manakala ada juga yang mengancam organisme yang menjadi hosnya.
Bagaimanapun, sebilangan kecil mutasi boleh memberikan kelebihan besar dan pantas menjadi varian yang dominan.
Itulah yang berlaku kepada virus SARS-CoV-2 yang menjadi punca kepada Covid-19 menerusi mutasi yang dinamakan sebagai D614G.
Awal pagi ini, Ketua Pengarah Kesihatan Dr Noor Hisham Abdullah mengumumkan bahawa mutasi itu telah dikesan dalam sampel yang diambil daripada beberapa pesakit dalam kluster Sivagangga dan Bukit Tiram.
Dia menggesa semua pihak lebih berwaspada memandangkan mutasi itu menyebabkan virus sepuluh kali lebih mudah menjangkiti individu lain.
Kali ini, Panduankini cuba menjelaskan apa yang diketahui berkenaan mutasi D614G setakat ini.
Ada apa pada nama?
Untuk menjangkiti sel manusia dan akhirnya menyebabkan wabak Covid-19, virus SARS-CoV-2 bergantung kepada 'spike protein' (S-protein) pada permukaannya untuk menempel pada sel.
Dalam model 3D virus tersebut, S-protein digambarkan sebagai objek berbentuk piramid terbalik (bawah, warna merah) yang melekat pada permukaan virus.
Sebaik saja virus melekat pada permukaan sel, ia akan masuk ke dalamnya dan memulakan proses jangkitan.
Nombor 614 merujuk kepada tempat spesifik (i.e "codon") dalam bahagian kod genetik virus yang mengaturkan bentuk dan fungsi S-protein.
Dalam kes ini, codon 614 pada asalnya adalah kod untuk penghasilan asid amino yang dikenali sebagai asid aspartik (dipendekkan sebagai "D"), untuk dihasilkan dalam lokasi khusus dalam struktur S-protein.
Mutasi D614G membuatkan kod tersebut sebaliknya menghasilkan satu lagi asid amino, dikenali sebagai glycine (dipendekkan sebagai "G").
Mutasi ini nampaknya muncul tidak lama selepas SARS-CoV-2 mula menjangkiti manusia pada akhir tahun lalu dan telah disedari para saintis.
Bagaimanapun kesannya baru jelas mutakhir ini dengan varian D614G menjadi kian meluas di seluruh dunia.
Bila mutasi ini muncul?
Saintis telah menerbitkan kod genetik virus SARS-CoV-2 daripada sampel yang dikumpul di seluruh dunia sejak wabak Covid-19 mula menular.
Berdasarkan maklumat ini, mereka dapat menyusun "salasilah" virus dengan generasi SARS-CoV-2 tersebar di seluruh duni.
Pada peringkat awal penularan, iaitu pada akhir 2019 di China, sampel virus telah mengandungi viarian 614D. Bagaimanapun, sekurang-kurangnya satu generasi virus yang seterusnya bertukar kepada varian 614G pada Januari tahun ini.
Beberapa sampel terawal yang mengandungi mutasi D614G dikumpul pada akhir bulan tersebut. Sampel-sampel ini diambil daripada pesakit yang dijangkiti Covid-19 di negara seperti China Arab Saudi dan Jerman.
Di Malaysia, salah satu sampel terawal yang diketahui setakat ini diambil daripada seorang wanita berusia 30 tahun pada 30 Mac, yang mendapat jangkitan di Kuala Lumpur.
Sampel itu diambil pada 30 Mac tetapi hanya dimasukkan dalam laman nextstrain.org - yang boleh diakses semua - pada minggu lalu. Laman itu menggunakan pangkalan data jujukan genetik SARS-CoV-2 untuk mengesan penularannya di seluruh dunia.
Bagaimanapun tidak seperti di seluruh dunia, mutasi D614G tidak menjadi varian virus yang dominan di Malaysia.
Berdasarkan data dalam nexstrain.org, hanya satu daripada sepuluh sampel di Malaysia membawa mutasi itu, sementara bakinya membawa gen asal iaitu 614D.
Bagaimanapun perlu dinyatakan bahawa penjujukan genetik bagi virus ini merupakan usaha yang memerlukan ketelitian dan hanya dibuat terhadap sejumlah kecil daripada 9,175 kes Covid-19 di Malaysia, sebelum dimasukkan ke laman itu.
Maka, data yang ada tidak semestinya memberi gambaran lengkap terhadap keadaan genetik Covid-19 di Malaysia.
Apa kesan mutasi?
Pada mulanya, varian asal iaitu 614D adalah venis dominan bagi virus ini, tetapi varian 614G kemudian menjadi kian menular di banyak negara seperti di benua Eropah, Amerika dan Afrika.
Terdapat dua hipotesis tentang bagaimana ia boleh berlaku.
Pertama - secara kebetulan, varian 614G berada di tempat yang betul di masa yang tepat untuk menjadi dominan menerusi penularan meluas di Eropah awal tahun ini.
Ia kemudian tersebar di negara-negara lain dan segera mengatasi varian 614D.
Satu lagi hipotesis ialah mutasi D614G memberikan kelebihan tertentu yang menjadikan virus lebih mudah berjangkit.
Walaupun belum ada jawapan muktamad untuk persoalan ini, ada banyak bukti yang menyokong hipotesis kedua.
Satu draf jurnal pada 4 Ogos melihat varian 614D dan 614G secara lebih mendalam dan menyimpulkan kluster Covid-19 yang berkaitan dengan varian 614G cenderung merebak dengan lebih meluas.
Satu draf jurnal bertarikh 12 Jun pula mendapati mutasi tersebut menjadikan S-protein lebih stabil dan lebih mudah untuk menempel pada sel manusia.
Jurnal yang diterbitkan dalam jurnal Cell pada 2 Julai lalu mendapati pesakit yang memiliki varian 614G turut memiliki virus tersebut dalam jumlah yang lebih banyak, menyebabkan pesakit itu lebih mudah menjangkiti orang lain.
Bagaimanapun, kajian-kajian ini - dan juga beberapa lagikajian lain - tidak menunjukkan mutasi tersebut memburukkan keadaan pesakit dan meningkatkan kebarangkalian maut.
Namun perlu dinyatakan bahawa wabak yang menular dengan lebih cepat meningkatkan risiko sistem penjagaan kesihatan berdepan kes yang jauh lebih banyak sehingga menjejaskan keupayaan untuk menjaga setiap pesakit, termasuk mereka yang tidak dijangkiti Covid-19.
Adakah vaksin semasa mampu atasinya?
Ketika mutasi D614G dalam peringkat awal peningkatannya, sejumlah saintis telah menyuarakan kebimbangan bahawa ia boleh menjadikan vaksin yang sedang dikaji tidak dapat melawannya.
Namun beberapa bulan kemudian, antibodi yang dihasilkan oleh pelbagai vaksin Covid-19 didapati menyasarkan bahagian berbeza pada S-protein yang tidak mengalami perubahan dek mutasi yang berlaku.
Satu jurnal yang diterbitkan dalam Cell pada 17 Julai membandingkan lebih seratus varian virus SARS-CoV-2 dan mendapati D614G lebih tahan terhadap antibodi, seperti yang mungkin dihasilkan oleh vaksin atau pesakit yang sembuh.
Draf jurnal bertarikh 24 Julai mendakwa vaksin yang sedang dibangunkan Pfizer dan BionNTech dapat menghasilkan antibodi yang berkesan untuk melawan 17 varian SARS-Cov-2, termasuk yang mengalami mutasi D614G.
Panduankini ini disediakan oleh Koh Jun Lin