巫伊两党合作伊始，倡导穆斯林团结，惟最终签署合作宪章，却以国民和谐为名。不过，两党合作始终予人的印象是，首倡马来人大团结，排斥非马来穆斯林群体。

然而，巫统副主席卡立诺丁解释，国民和谐概念乃是强调马来人是国家核心，但也容纳华印裔社会，因此并没排斥非马来穆斯林群体。